计算机学院是在1980年设立的本科计算机专业的基础上发展起来的。1980年9月开始面向全国招收了第一批计算机应用专业本科生，1981年开始招收计算机应用技术硕士研究生。1984年5月设立的电子计算机系。2000年7月，为适应信息学科快速发展的需要，成立计算机学院。

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智能科学学院起源于哈尔滨军事工程学院时期的带翼式导弹自动控制、导航飞行原理射击原理与飞行试验、引爆控制以及长沙工学院时期的机械与仪器加工工艺及设备等学科专业，2017年，由原国防科学技术大学机电工程与自动化学院调整组建而成，现位于国防科技大学一号教学园区。学院的使命任务是面向智能无人作战重大战略需求，聚焦人工智能、生物智能、混合智能，做智能时代“无人区”人才培养和科学研究的开拓者。

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